公章和专用章都是公司作为特定主体，是公司愿意承担相应责任或相关民事法律行为的书面意思表示。
顾名思义“公章”是公司公务往来正式使用的书面意思表示，“合同专用章”是公司签订合同时正式使用的书面意思表示。根据《合同法》第三十二条规定：“当事人采用合同书形式订立合同的，自双方当事人签字或者盖章时合同成立。”合同法中对签订合同时所盖章的类型没有明确的规定。实践中二者效力相当，只是授权范围公章大于合同专用章。
如果双方没有特别约定，合同专用章用于所有的合同、协议书，公章一般可以代替合同专用章使用。如果双方有明确的约定必须加盖“合同专用章”或“公章”即可生效，则必须按照双方约定为准。合同事项的备忘录、说明书也是可以使用合同专用章。因为合同事项的备忘录、说明书一般作为合同的附件，其是合同正文的补充说明文件，也是合同有效的组成部分，因此使用方式与合同、协议相同。